Hiện tại, xã Cẩm Lĩnh có 11 thôn trong đó riêng thôn Cẩm Thủy mới được thành lập năm 2012 trên cơ sở sáp nhập một vùng đất thuộc thôn Cẩm Tân và dải đất ven Hồ Suối Hai thuộc xã Ba Trại:

1. An Thái

2. Cẩm An

3.Tân An

4.Cẩm Tân

5. Cẩm Thủy

6. Phú Phong

7. Vô Khuy

8. Bằng Tạ

9. Đông Phượng

10. Ngọc Nhị

11. Tân Thành.